近年二二八事件紀念基金會工作要點之一，就是推動二二八轉型正義報告的研究工作，此工作固然是政府轉型正義政策落實的一部分，也是本基金會的法定職責。整個研究工作的展開，是在1992年行政院《「二二八事件」研究報告》和2006年基金會《二二八事件責任歸屬研究報告》的基礎上，由團隊成員根據新出土的檔案、史料，並針對過去囿於時間及環境因素未及處理的部分，分篇撰寫。透過團隊成員、專家學者之間的對話討論、修訂，最後由國史館陳儀深館長進行全文審視後定稿付梓。《二二八事件真相與轉型正義報告稿》（2020-02，初版）印行之後，受到研究者及關心者的關注，基金會也收到不少再版的要求。而研究團隊成員除了內部持續進行研究討論外，也接受學界對研究成果的反應，各篇作者針對原有的論文，再查核史料，進行增補、修訂。此外，本書《二二八事件真相與轉型正義研究報告》亦增加〈官方紀錄中二二八事件死難人數探析〉新篇論文。期待本書的出版，有助於國人對二二八事件的認識，與自由民主人權普世價值在台灣進一步的落實。本書除了序、導論、結論及大事記之外，專文內容主要探討五大主題，分別如下：第一篇關於事件原因、國際觀點與應對路線：〈二二八事件之原因論述──1947年官方與民間說法比較〉、〈二戰後台灣的國際地位與二二八事件前後的國際視角──以英美兩國檔案與輿論為中心〉、〈台灣人在二二八事件中的兩條路線──處理委員會vs.武裝抵抗〉。第二篇關於軍事、情治系統及地方政府的角色：〈二二八事件中的軍事部署與鎮壓〉、〈二二八事件中海軍的彙報與應處〉、〈二二八事件中的情治機關及其角色〉、〈二二八事件中的縣市長及其角色〉。第三篇關於事件的衝擊與影響：〈二二八事件對司法的影響〉、〈二二八事件對新聞界的衝擊〉、〈二二八事件對校園的衝擊〉。第四篇關於國家暴力的延續：〈官方紀錄中二二八事件死難人數探析〉、〈試論二二八事件中的外省人傷亡〉、〈二二八事件中的自新──以台中、嘉義、台南、高雄為中心〉、〈反抗的起點？──從民間角度看二二八與白恐的歷史連結〉、〈秋後算帳？──從官方角度看二二八與白恐的歷史連結〉。第五篇關於二二八事件的紀念與平反：〈海外二二八事件紀念活動之傳播與影響〉、〈二二八事件平反運動的歷史考察（1987-1997）〉、〈歷任總統對二二八轉型正義的作為（1988-2019）〉。

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